申報上海市科技小巨人企業(yè)需要準備以下材料：

1、上海市科技小巨人企業(yè)（含培育）申請書：這是申報的基礎文檔，需要詳細填寫企業(yè)信息和申報內容。

2、有效期內的高新技術企業(yè)資格證書（復印件）：需要提供企業(yè)高新技術資質的證明文件。

3、涉及特殊行業(yè)的相關許可證：如果企業(yè)所屬行業(yè)有特殊要求，需提供相應的許可證。

4、近三個會計年度企業(yè)審計報告復印件（需上傳原件）：需要提供企業(yè)過去三年的財務審計報告。

5、財務及相關規(guī)范化管理制度：展示企業(yè)財務管理和內部控制的制度文件。

6、研發(fā)機構建設相關證明材料：對于申報科技小巨人企業(yè)必須提供，包括技術中心、實驗室、測試平臺等的建設情況。

7、項目綜合績效自評價報告：企業(yè)需要提交的自評報告，評估項目實施的效果和績效。

8、合同約定提交的科技報告：根據(jù)合同要求提交的科技相關的報告。

9、專項審計報告：針對項目實施的專項財務審計報告。

10、體現(xiàn)科技小巨人（含培育）企業(yè)實施目標的創(chuàng)新活動證明材料：包括知識產權證書、研發(fā)機構建設、產品質量檢驗報告等。

11、其他相關證明材料：企業(yè)認為需要提供的其他支持性文件。

請確保所有提交的材料真實、完整、有效，并接受相關部門的監(jiān)督檢查。